Ellen Malmer blev uddannet på kunsthåndværkerskolen i København og tog afgangseksamen fra tekstillinjen i 1965.
På trods af hovedlinje indenfor tekstiler blev Ellen Malmer umiddelbart efter endt uddannelse ansat ved Royal Copenhagen som designer indenfor fajance. Det har ført til mange af de fajance skål, fade og vaser, som er kendt i de danske hjem.
Ellen Malmer arbejdede for Royal Copenhagen fra 1965-1988 og har haft separatudstillinger hos Royal Copenhagen både i ind og udland. Blandt andet har hun udstillet i Seibu Art Galleri i Tokyo, Japan, i 1981.
Yderligere har hun arbejdet og udstillet indenfor papircollager, tekstiler og udsmykning af rum.
Hun er medlem af Danske Formgivere.