Allerede som 15-årig malede hun oliemalerier. Hun gik på det svenske kunstakademi i perioden 1873-1881. Hun delte førstepladsen ved hendes studies afslutning sammen med Richard Hall og fik derfor mulighed for at søge stipendium for videre uddannelse i Paris, hvor hun var 1882-1885.
Hun blev gift i 1887 med Daniel Stoopendaal og i 1893 fik de sønnen Curt Nyström Stoopendaal.
Jenny Nystrøm er berømt for hendes mange postkort, som startede ud med eventyrmotiver, men senere gik over til julemotiver, hvor hendes nisse blev standardbilledet på, hvordan en nisse ser ud i Sverige. Hun bliver ofte kaldt den svenske nisses moder. Hun begyndte at tegne sine nisse omkring 1890.