Klukflasken er ikonisk for Holmegaard og har været i produktion af flere omgange. Klukflasken fra 2016 har fået tre søjler i stedet for de klassiske fire søjler. De tre søjler giver flasken en smuk, symmetrisk midte og tilfører glasset en luftig effekt. Klukflasken har fået sit navn efter den klukkende lyd, som frembringes når væsken skænkes af flasken og møder luften i de karakteristiske søjler. Klukflasken er især populær til siritus og den røgbrune farve passer perfekt til de ravfarvede spiritus-typer som whisky og cognac. Hver enkelt klukflaske er unik og rummer ca. 50 centiliter.